Der SNF bemängelt insbesondere folgende Schwächen der Vorlage:

Die Vorlage fokussiert zu stark auf den Patientenschutz, während die Forschung als etwas Bedrohliches dargestellt wird. Sowohl dem Bedürfnis der Gesellschaft an medizinischem Fortschritt als auch der Forschungsfreiheit wird zu wenig Rechnung getragen.

Die Formulierung «Forschung im Gesundheitsbereich» als Anwendungsbereich des Gesetzes ist zu wenig klar. Sie könnte neben der medizinisch-biologischen Forschung auch die gesamte empirische sozial- und verhaltenswissenschaftliche Forschung einschliessen. Nach Ansicht des SNF sollte sich das Gesetz hingegen auf jene Forschungsbereiche beschränken, die einen effektiven Einfluss auf die Gesundheit der involvierten Personen haben können.

Die Aufgabe der Ethikkommissionen wird in der Vorlage auf die Kontrolle gesetzlich verankerter Auflagen beschränkt. Der SNF fordert, dass sich die Ethikkommissionen stattdessen auf ihre Kernfunktion, die ethische Begutachtung von Forschungsprojekten, konzentrieren können. Sie müssen auch Wissenschaftler enthalten, da sie eine Güterabwägung zwischen dem wissenschaftlichen Nutzen und den Risiken vornehmen.

Die im Entwurf verankerte Unterscheidung zwischen direktem und indirektem Nutzen ist wissenschaftlich problematisch und sollte deshalb weggelassen werden. Die Abwägung zwischen dem potenziellen Nutzen und den Risiken sollte Ethikkommissionen überlassen werden.

Es gibt viele Biobanken, die nicht der Forschung dienen. In der Vorlage bleibt unklar, ob auch sie im Gesetz eingeschlossen sind.