Bevor in einem Nationalen Forschungsprogramm (NFP) die eigentliche Forschung starten kann, müssen diverse Vorarbeiten erledigt werden. Eine Leitungsgruppe wird gewählt, zu deren Aufgaben es gehört, den Ausführungsplan mit den inhaltlichen Schwerpunkten zu erstellen. Hat der Bundesrat den Ausführungsplan im Anschluss an eine Vernehmlassung in Bundesämtern genehmigt, wird das Programm öffentlich ausgeschrieben. Interessierte Forschende können Projektskizzen eingeben.
Die erfolgreichen Autorinnen und Autoren von Skizzen können danach Forschungsgesuche einreichen, die wie schon die Projektskizzen von der Leitungsgruppe unter Beizug ausländischer Expertinnen und Experten evaluiert werden. Erst wenn der Nationale Forschungsrat des SNF die Gesuche definitiv genehmigt hat, beginnen die Forschungsarbeiten.
Auf der unten stehenden Liste figurieren jene NFP, die sich in dieser «Startphase» befinden.