Die rund 180 Personen umfassende Geschäftsstelle des Schweizerischen Nationalfonds (SNF) unterstützt und koordiniert die Tätigkeiten von Stiftungsrat, Forschungsrat und Forschungskommissionen. Sie bereitet Entscheide vor, vollzieht Beschlüsse und überwacht die finanziellen Aspekte der Förderungstätigkeit.
Zu ihren zentralen Aufgaben gehört die Einholung und Auswertung von jährlich mehreren tausend in- und ausländischen Expertisen über Forschungsgesuche. Nebst ihrer Dienstleistungsfunktion zu Gunsten von Forschungsrat und Stiftungsrat besitzt die Geschäftsstelle eigene Kompetenzbereiche. Sie unterhält Kontakte zu forschungspolitischen Instanzen im In- und Ausland, vertritt den SNF in den entsprechenden Gremien und sorgt für eine wirkungsvolle Kommunikation mit der Öffentlichkeit. Die Geschäftsstelle untersteht der Aufsicht des Ausschusses des Stiftungsrats. Ein direkt dem Präsidenten des Stiftungsrats unterstelltes internes Revisorat überprüft ihre Geschäftstätigkeit sowie diejenige der übrigen Organe.