Als oberstes Organ des Schweizerischen Nationalfonds (SNF) fällt der Stiftungsrat Entscheide auf strategischer Ebene. Er sorgt für die Wahrung des Stiftungszwecks, definiert die Position des SNF zu forschungspolitischen Fragestellungen und verabschiedet Planungsdokumente.
Im Stiftungsrat vertreten sind die wichtigsten Organisationen der Schweizer Forschungslandschaft (Hochschulen, Fachhochschulen, Rektorenkonferenz, Akademien u.a.) sowie vom Bundesrat ernannte Vertreterinnen und Vertreter aus Politik und Wirtschaft. Er tagt mindestens einmal pro Jahr und besteht aus maximal 50 Mitgliedern.
Der Ausschuss setzt sich aus 15 Mitgliedern des Stiftungsrats zusammen. Zu seinen Aufgaben gehören die Wahl der Mitglieder des Nationalen Forschungsrats sowie die Verabschiedung des finanziellen Voranschlags, der zentralen Reglemente und der Leistungsvereinbarung mit dem Bund. Der Ausschuss des Stiftungsrats tagt mindestens vier Mal pro Jahr.