Jährlich beurteilt der Nationale Forschungsrat mehrere tausend dem Schweizerischen Nationalfonds (SNF) unterbreitete Gesuche und entscheidet über deren Unterstützung. Er setzt sich aus Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern zusammen, die mehrheitlich an schweizerischen Hochschulen tätig sind. Er umfasst maximal 100 Mitglieder und ist in vier Abteilungen gegliedert:
• Geistes- und Sozialwissenschaften
• Mathematik, Natur- und Ingenieurwissenschaften
• Biologie und Medizin
• Orientierte Forschung
Parallel dazu bestehen drei Fachausschüsse für abteilungsübergreifende Bereiche:
• Internationale Zusammenarbeit
• Personenförderung
• Interdisziplinäre Forschung
Für einzelne Spezialaufgaben werden zusätzlich themenspezifische Fachkommissionen gebildet.
Das Präsidium besteht aus der Präsidentin resp. dem Präsidenten des Forschungsrats und den Präsidentinnen und Präsidenten der Abteilungen und der Fachausschüsse. Es beaufsichtigt und koordiniert die Arbeit im Forschungsrat und erarbeitet zudem wissenschaftspolitische Empfehlungen zuhanden des Stiftungsrats. Im Zentrum stehen dabei die Förderungspolitik und die Gestaltung der Förderungsinstrumente, die Evaluationsmethoden sowie die Verteilung der Mittel auf die einzelnen wissenschaftlichen Disziplinen.