Le FNS critique notamment les faiblesses suivantes du projet:

Le projet met fortement l'accent sur la protection des patients, alors que la recherche est présentée comme une menace. Il ne tient pas assez compte du rôle indispensable du progrès médical pour la société ainsi que de la liberté de la recherche.

La formulation du champ d'application «recherche dans le domaine de la santé» est ambiguë. Outre la recherche médico-biologique, elle pourrait ainsi englober l'ensemble de la recherche empirique en sciences sociales et comportementales. Le FNS est au contraire de l'avis que la loi devrait se limiter aux seuls domaines où la recherche scientifique peut avoir une influence effective sur la santé des personnes impliquées.

La tâche des commissions d'éthique est limitée au contrôle du respect des conditions imposées par la loi. Le FNS demande au contraire à ce que les commissions d'éthique puissent se concentrer sur leur fonction d'expertise éthique des projets de recherche. Des scientifiques doivent aussi y être représentés, puisque le rôle des commissions consiste en la pesée des intérêts en présence, l'utilité scientifique d'une part, les risques d'autre part.

La distinction entre utilité directe et indirecte figurant dans le projet de loi, qui pose problème sur le plan scientifique, devrait être abandonnée. La tâche de pesée des aspects positifs et négatifs entre utilité potentielle et risques d'une recherche doit rester confiée aux commissions d'éthique.

Il existe de nombreuses biobanques qui ne sont pas destinées à la recherche. Le projet ne précise pas si elles sont aussi concernées par la loi.