Par le biais de ses différents instruments d'encouragement, le FNS soutien de façon substentielle plusieurs projets de recherche prometteurs. Toutefois, les subsides du FNS ne couvraient jusqu’à présent pas les frais indirects découlant de la recherche. Les institutions devaient ainsi prendre en charge elles-mêmes le loyer des laboratoires et bureaux ainsi que les nombreux frais d'infrastructure et d'exploitation liés aux projets de recherche. Avec les subsides overhead décidés par le Parlement dans le cadre du message sur la formation, la recherche et l'innovation (message FRI 2008-2011), le FNS octroie depuis 2009 aux institutions  un subside pour les frais de recherche indirects.

2009-2011, phase d'introduction
Durant la phase d'introduction de trois ans, le Parlement a prévu en tout 211 millions de CHF pour l'overhead du FNS. Les subsides overhead doivent être versés de manière échelonnée aux institutions de recherche bénéficiaires, soit 36,7 millions pour 2009, 80,8 millions pour 2010 et 93,5 millions pour 2011. L'overhead passera d'environ 6% des octrois autorisés à environ 18% en 2011. Il sera versé pour la première fois vers la fin 2009 et sera calculé, pour l'année d'introduction, sur les octrois déterminants de janvier à septembre 2009. Les années suivantes, le calcul reposera sur les octrois de l'année précédente et le subside sera versé en deux tranches, une à la fin du premier trimestre et l'autre à la fin du troisième trimestre. Cette solution répond aux souhaits des hautes écoles et permet à ces dernières de tenir compte des subsides overhead dans leur planification annuelle des ressources.

Le règlement overhead fixe les détails
Le règlement overhead du FNS approuvé en mars par le Conseil fédéral (voir "A ce sujet") repose sur l'Ordonnance sur la recherche de la Confédération (voir "A ce sujet") et règle les détails, de l'autorisation jusqu'aux modalités de versement. En voici les éléments principaux pour les chercheurs et les institutions:

• Instruments d'encouragement du FNS ayant droit à l'overhead:

- projets de recherche libre, y compris projets interdisciplinaires et interdivisionnaires
- projets de longue durée de la Division I (sciences sociales et humaines)
- Sinergia
- projets dans le cadre d'ERA-Nets et EuroCores
- projets DORE
- professeurs boursiers du FNS
- ProDoc; Ambizione
- SCORE/PROSPER
- Marie Heim-Vögtlin
- projets issus des Programmes nationaux de recherche (PNR)

• Dans les décisions d'octroi, les chercheurs reçoivent une mention concernant l'autorisation overhead.
• Le bénéficiaire overhead est l'institution de recherche (pas les chercheurs eux-mêmes).
• L'institution de recherche dans sa globalité est autorisée à recevoir des subsides et pas les différents instituts internes ou les parties d'école.
• L'institution de recherche peut disposer librement de l’overhead dans le cadre de l'objectif fixé par ce dernier, cest-à-dire en relation avec des frais de recherche indirects.
• L'overhead est limité à 20% au maximum des subsides FNS déterminants.

Renforcer la recherche financée sur un mode compétitif
Avec l’indemnisation partielle, par l'overhead, des frais de recherche indirects encourus par les institutions de recherche, la Confédération souhaite donner plus de poids à la recherche financée sur un mode compétitif en Suisse. L'overhead doit être une incitation supplémentaire pour demander des moyens d'encouragement au FNS et renforcer sur le long terme la recherche au sein des hautes écoles suisses.