Le Fonds national suisse (FNS) a recours à une large palette d’instruments pour encourager la recherche. Le plus important concerne le financement de projets de recherche. En soutenant ainsi la recherche dite libre, le FNS encourage les idées novatrices des scientifiques et une recherche de haute qualité dans des domaines émergents.
Le FNS s’engage aussi à assurer la relève académique en allouant des bourses et des subsides personnels (encouragement de personnes). Les jeunes talents peuvent en bénéficier aux différentes étapes de leur parcours, de la thèse de doctorat au statut de professeur assistant.
En recherche orientée, le FNS conduit des Programmes nationaux de recherche (PNR), qui visent à apporter une contribution scientifique à la résolution d’importants problèmes actuels de la Suisse. Les Pôles de recherche nationaux (PRN) renforcent quant à eux la position de la Suisse et les structures de recherche dans des domaines stratégiques, tels que les nanosciences ou l’environnement.
Enfin, le FNS apporte son soutien à des activités de coopération en vue de consolider la coopération internationale avec des régions et des pays partenaires.