Der NFS leistete bei der Nachwuchsausbildung Pionierarbeit mit einem neuartigen Modell bei der Doktorandenausbildung. In diesem Programm wurden die Studierenden für ein Doktorat zunächst ausgewählt und dann mit einem Stipendium ausgestattet, das es ihnen erlaubte, verschiedene am NFS beteiligte Forschungsgruppen und Laboratorien zu besuchen, um den besten Ort für die Durchführung ihres Dissertationsprojekts zu finden. Dieses Doktoratsprogramm war einzigartig, weil die jungen Forschenden die Schweiz erstmals als grossen und zusammenhängenden Hochschul-Campus wahrnehmen konnten.