Der NFS Strukturbiologie bot für seine Doktorierenden und weitere Interessierte qualitativ hochstehende praktische und theoretische Ausbildungseinheiten an. Die Strukturbiologie-Symposien schufen jährlich eine Plattform für den persönlichen Austausch zwischen ambitionierten Nachwuchsforschenden und führenden Forschenden, die regelmässig an diesem Symposium teilnahmen bzw. als Hauptrednerinnen oder -redner auftraten.
Ein besonderer Vorzug des vom NFS entwickelten Doktoratsprogramms "Biomolecular Structure and Mechanism" war die Möglichkeit, dass sich die Doktorierenden in eines der langfristig angelegten NFS-Projekte einbringen konnten und dabei mit neuesten Methoden und Technologien in der Strukturbiologie in Berührung kamen. Die interdisziplinäre Zusammenarbeit zwischen den NFS-Gruppen, von der sowohl Doktorierende wie fortgeschrittene Nachwuchsforschende stark profitierten, war eine weitere Stärke der Ausbildungsprogramme. Bis zum Ende des NFS etablierten 33 ehemalige Nachwuchsleute aus dem NFS ihre eigenen, unabhängigen Forschungsgruppen im In- und Ausland; fünf davon sind Frauen und zwei der Ehemaligen wurden schon mit Förderbeiträgen des Europäischen Forschungsrates (ERC Starting grants) auszeichnet.
Eine gleich hohe Vertretung von Frauen und Männern auf allen akademischen Stufen ist in den naturwissenschaftlichen Bereichen an den Schweizer Hochschulen immer noch ein weit entferntes Ziel. Im Bereich der Strukturbiologie hat der NFS in seinem begrenzten Rahmen einige Fortschritte erzielt. Der Anteil der Frauen unter den Nachwuchsforschenden betrug durchgehend zwischen 25 und 35 Prozent.