Pour le FNS, la convention de prestations sert principalement d'instrument visant à rendre des comptes à la Confédération sur l'utilisation des moyens. Elle est basée sur le programme pluriannuel du FNS et sur le message FRI de la Confédération.
La convention de prestations contient les objectifs et les indicateurs de prestations contraignants conclus par le FNS avec le SEFRI pour chaque période de subventionnement s’étalant sur quatre ans. Elle fait l’objet d’un contrôle régulier.