Les requêtes sont évaluées par le Conseil de la recherche du FNS dans le cadre d'une procédure établie et selon des critères bien définis (voire "Critères d'évaluation et principes"). Les acteurs suivants interviennent dans les étapes successives de la procédure d'évaluation:
Expert-e-s externes
La première étape de la procédure d'évaluation consiste en l'évaluation par les pairs (peer review), durant laquelle des expert-e-s externes examinent chaque requête en se basant sur les critères fixés par le FNS. Pour prendre une décision, au moins deux expertises externes sont nécessaires pour chaque requête (exceptions: règlement des subsides, art. 25). Les expert-e-s externes travaillent indépendamment les uns des autres et sont informés que les textes complets de leurs évaluations seront mis à disposition des requérant-e-s pour consultation sur la plate-forme mySNF; les expert-e-s gardent leur anonymat. Le FNS écarte des dossiers les expertises dont le contenu est subjectif ou offensant et ne les utilise pas pour l'évaluation. Dans certains cas, le FNS peut également mettre en place le "reader system" ou un panel dans le cadre de l'évaluation par les pairs (cf. "Evaluation: déroulement détaillé").
Expert-e-s internes
Lors de la seconde étape, l'évaluation interne, un des membres du Conseil de la recherche joue le rôle de rapporteuse ou de rapporteur pour chaque requête. Dans un premier temps, leur mission consiste à contrôler, à évaluer et à compléter les évaluations basées sur les critères effectuées par les expert-e-s externes. Ensuite, ils évaluent les requêtes en les comparant aux autres requêtes qu'ils ont évaluées (classement comparatif sur une échelle de six niveaux), puis recommandent ce classement à l'organe spécialisé compétent (division/comité spécialisé). Les co-rapporteuses et les co-rapporteurs respectifs prennent également position par rapport à ces recommandations (principe des quatre yeux). Les justifications que les rapporteuses et rapporteurs ont avancées pour le classement global sont transmises en substance aux requérant-e-s, mais les rapporteurs gardent leur anonymat.
Organes spécialisés (divisions/comités spécialisés)
Les recommandations des rapporteuses et des rapporteurs sont approuvées ou modifiées par l'organe spécialisé compétent du Conseil de la recherche (division ou comité spécialisé). La mission des organes spécialisés consiste à classer en niveaux de qualité toutes les requêtes déposées relevant de leur domaine de compétences, à statuer sur la question de l'approbation et à répartir le budget mis à la disposition entre les requêtes approuvées. Les organes spécialisés rendent alors des décisions provisoires.
Présidence du Conseil de la recherche
Les décisions provisoires rendues par l'organe spécialisé sont finalement présentées à la présidence du Conseil de la recherche pour approbation. Si la bonne application de la procédure d'évaluation est garantie et si le budget et les conditions-cadres sont respectés, la présidence de la recherche approuve les décisions provisoires, qui deviennent alors définitives.