Gegen Verfügungen, die der SNF erlässt, können die Gesuchstellenden Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht einlegen. Anstelle einer Stellungnahme an das Gericht, hat der SNF die Möglichkeit, seinen Entscheid in Wiedererwägung zu ziehen und eine neue Verfügung zu erlassen.
Gesuche um Wiedererwägung, die Gesuchstellende an den SNF richten, müssen begründet sein und werden durch die Geschäftsstelle des SNF geprüft. Wenn diese Prüfung keine Anhaltspunkte für einen fehlerhaften Entscheid ergibt, tritt der SNF nicht auf das Wiedererwägungsgesuch ein. Ist jedoch das Gegenteil der Fall, so wird das Gesuch auf Wiedererwägung vom Forschungsrat behandelt. Dieser weist entweder das Gesuch ab oder fällt einen neuen materiellen Entscheid in der betreffenden Sache.
Der SNF empfiehlt den Gesuchstellenden, sich vorab mit der Geschäftsstelle des SNF in Verbindung zu setzen und sich über den Ablauf eines Rekursverfahrens zu informieren. Die 30-tägige Rekursfrist bleibt davon jedoch unberührt.