Organe suprême du Fonds national suisse (FNS), le Conseil de fondation prend des décisions d’ordre stratégique. Il veille au respect du but de la fondation, définit la position du FNS sur les questions de politique de la recherche et adopte les documents de planification.
Les principales institutions académiques du pays (hautes écoles universitaires, hautes écoles spécialisées, Conférence des recteurs, académies, etc.) en sont membres, de même que des représentants de la politique et de l’économie désignés par le Conseil fédéral. Composé de cinquante membres au maximum, le Conseil de fondation siège au moins une fois par an.
Un comité de quinze membres du Conseil de fondation est notamment chargé de nommer les membres du Conseil national de la recherche et d’adopter les budgets, les règlements centraux et la convention de prestations avec la Confédération. Il siège au moins quatre fois par an.