Différentes étapes précèdent le travail de recherche proprement dit lors du lancement d’un nouveau programme national de recherche (PNR). Tout d’abord, un comité de direction est nommé, qui a notamment pour mission d’élaborer un plan d’exécution faisant état des grandes lignes du programme. Si le Conseil fédéral approuve le plan d’exécution suite à une procédure de consultation au sein des offices fédéraux, le programme est mis au concours publiquement.
Les chercheurs intéressés peuvent alors soumettre leurs esquisses de projet. Les auteurs des esquisses retenues sont ensuite invités à rédiger leurs requêtes. Celles-ci sont soumises, comme les esquisses, au comité de direction, qui les évalue en collaboration avec des expertes et experts étrangers. Le travail de recherche ne commence qu’une fois la requête définitivement acceptée par le Conseil de la recherche du FNS.
Les PNR se trouvant actuellement dans cette phase initiale sont: