Dans l'encouragement, le FNS fait ainsi la distinction entre:
- les projets,
- les carrières,
- les programmes,
- les infrastructures,
- la communication scientifique,
- les mesures complémentaires.
Que ce soit dans l'encouragement de projets, l'encouragement de carrières ou encore dans le soutien d'une infrastructure ou de la communication scientifique, les requérant-e-s peuvent déterminer librement le thème et le cadre de leur projet de recherche.