De 2006 à 2007, le programme a relevé de la responsabilité du FNS. De 2008 à 2012, il a été un programme commun au FNS et à la Conférence des recteurs des universités suisses (CRUS). Depuis 2012, les universités ont repris, dans le cadre de la CRUS, la pleine responsabilité pour le doctorat sous toutes ses formes, également dans le contexte de programmes interuniversitaires.