Lancés périodiquement, les appels à projets pour de nouveaux PRN s'appliquent en général à tous les domaines scientifiques. Les demandes liées à un PRN sont transmises par la directrice ou le directeur pressenti du PRN. Les responsables de PRN disposent d'un excellent curriculum scientifique et sont employés dans une institution de recherche suisse.
En premier lieu, les responsables de PRN transmettent au FNS une déclaration d'intention (letter of intent). Ils présentent ensuite les visions et les objectifs de leur PRN au moyen d'une esquisse (outline proposal). Puis, les responsables des projets de PRN encore soutenus par les institutions hôtes après la phase d'évaluation des esquisses soumettent au FNS une requête complète (full proposal). Dans un dernier temps, le FNS recommande à la Confédération (DEFR/SEFRI) une sélection d'excellentes propositions de PRN susceptibles d'être financées. La Confédération arrête sa décision finale sur des considérations de politique de recherche et attribue la plus haute priorité aux PRN qui y correspondent. La Confédération (DEFR/SEFRI) institue les PRN sélectionnés par voie de décision.
Des informations supplémentaires relatives à la procédure de sélection des PRN se trouvent à la rubrique "How to – soumettre une demande de PRN" et dans le texte de la mise au concours y afférent.