L'agence pour la promotion de l'innovation (CTI) encourage les projets de recherche et développement (R&D) axés sur le marché et réalisés conjointement par des entreprises et des hautes écoles. L’objectif visé est d'augmenter le nombre des entreprises mettant à profit les ressources R&D des hautes écoles pour leurs propres innovations. Contrairement à la CTI, le FNS encourage prioritairement la recherche visant à acquérir de nouvelles connaissances scientifiques, et non une recherche visant directement des buts commerciaux.