Titulaire d’un doctorat en géophysique ainsi que d’un diplôme en sciences de l’éducation et d’un master en administration publique, François Baumgartner a travaillé ces dernières années à l’Office fédéral de la statistique en tant que directeur suppléant, directeur ad intérim et chef de la division "santé et social". De 2007 à 2012, il a œuvré au secrétariat général du Département fédéral de l’intérieur en tant que conseiller spécialiste pour la formation et la recherche, les statistiques et les affaires internationales. Il a effectué auparavant son parcours académique en Suisse, aux Etats-Unis et au Danemark, où il a enseigné les géosciences en tant que professeur associé.
Agé de 50 ans, François Baumgartner succède ainsi à Angelika Kalt, la nouvelle directrice du FNS depuis le 1er avril 2016.