Ein Nationaler Forschungsschwerpunkt hat eine Laufdauer von maximal zwölf Jahren. Der Schweizerische Nationalfonds sichert die Finanzierung eines Nationalen Forschungsschwerpunkts jeweils für eine erste Etappe von bis zu vier Jahren. Die weitere Unterstützung basiert auf einem Antrag auf Weiterfinanzierung sowie auf dem Ergebnis einer Zwischenevaluation.
Derzeit umfasst das Förderprogramm insgesamt 20 Nationale Forschungsschwerpunkte. Von diesen sind 14 NFS im Jahr 2001 und sechs NFS im Jahr 2005 gestartet. Aktuell läuft das Auswahlverfahren für eine dritte Serie von Nationalen Forschungsschwerpunkten.
