L’acceptation de l’initiative pour l’interdiction de l’expérimentation animale et humaine restreindrait de manière drastique la recherche en Suisse, surtout en biomédecine. Tant l’expérimentation animale que la recherche sur l’être humain seraient concernées par cette interdiction, qui toucherait les études cliniques, psychologiques et en sciences du sport. La recherche sur des organismes entiers reste nécessaire pour élaborer de nouvelles thérapies, et l’expérimentation animale ne peut que partiellement être remplacée par des méthodes alternatives. Lorsque de nouveaux médicaments et thérapies sont développés, leur innocuité doit également être confirmée chez des volontaires sains et leur efficacité comparée à celle de groupes de personnes recevant un placebo. Cette initiative empêcherait tout progrès dans le traitement des patientes et des patients. En outre, la recherche sur la détention et les soins médicaux des animaux de ferme et de compagnie ne serait plus autorisée non plus.

Avec une interdiction totale de l’expérimentation animale et de la recherche sur l’être humain, la Suisse perdrait du terrain sur la scène internationale de la recherche. À l’instar des hautes écoles suisses (swissuniversities) et des Académies suisses des sciences, le FNS rejette donc cette initiative.

Sur mandat du Conseil fédéral, le FNS a lancé le Progamme national de recherche "Advancing 3R – animaux, recherche et société", qui doit tenir compte des tensions autour du bien-être animal et améliorer la recherche en biomédecine.

En Suisse, les commissions cantonales d’expérimentation animale n’autorisent que les projets de recherche qui respectent les principes 3R ("replace, reduce, refine"). L’objectif est de répondre aux questions de recherche au moyen d’approches alternatives à l’expérimentation animale chaque fois que cela est possible ("replace"). Si les tests sont indispensables, en intégralité ou partiellement, le nombre d’animaux utilisés doit être aussi faible que possible ("reduce") et les cobayes doivent être ménagés au maximum ("refine").

Le FNS soutient en outre les principes 3R par ses exigences élevées en matière de qualité scientifique des projets de recherche. La plupart des projets approuvés impliquant des expériences animales comprennent aujourd’hui aussi des méthodes alternatives comme les cultures de cellules ou les simulations mathématiques – les alternatives les plus courantes aux essais sur animaux jusqu’ici. Beaucoup de projets de biologie et de médecine soutenus par le FNS font totalement l’impasse sur l’expérimentation animale.

Soutenir le développement pur de méthodes n’est pas la priorité du FNS. L’accent est mis sur les questions de recherche guidées par des hypothèses. De nouvelles solutions pour remplacer les expériences sur les animaux peuvent se dégager lors de tels travaux. Pour encourager les méthodes 3R de façon ciblée, la Confédération, les hautes écoles suisses et le secteur privé financent le Centre de compétences suisse 3R (3RCC).

Bien que la grande majorité des chercheuses et chercheurs en sciences biomédicales appliquent également d’autres méthodes, l’expérimentation animale reste indispensable pour comprendre les processus vitaux des sujets sains et malades. L’interaction complexe entre différents tissus, types de cellules et influx nerveux ne peut généralement être comprise que sur un organisme complet. Cette recherche pour une compréhension fondamentale de la vie établit ainsi une base de connaissances sur de nombreuses années pour découvrir les causes des maladies et développer des médicaments et des thérapies.

Les recherches sur l’être humain permettent rarement d’avoir une idée précise de la cause et des conséquences des changements pathologiques. Même si les cultures cellulaires permettent d’acquérir de plus en plus de connaissances, elles ne permettent pas de répondre à de nombreuses questions importantes. C’est pourquoi les médicaments et les thérapies ne peuvent être testés sur les humains qu’après un examen prescrit par la loi impliquant des expériences sur les animaux.

Outre l’intérêt primordial de l'expérimentation animale pour l’être humain, elle améliore aussi les connaissances en matière de protection des espèces et de biologie comportementale ; de plus, elle permet d’optimiser les conditions d’élevage et de reproduction des animaux de rente et le traitement des animaux domestiques.

Les offices vétérinaires cantonaux décident en dernier ressort de l’approbation des expériences sur les animaux. La pesée éthique des intérêts entre la souffrance prévisible des animaux de laboratoire et les intérêts escomptés pour l’être humain incombe aux commissions cantonales d’expérimentation animale concernées. Ces commissions se composent de membres indépendants : des spécialistes de l’élevage d’animaux, des représentant·es de la protection animale, des chercheuses et chercheurs non impliqués dans le projet en question et des profanes.

Le Conseil de la recherche du FNS, par contre, se compose exclusivement de chercheuses et chercheurs actifs chargés d’évaluer la qualité scientifique des projets de recherche. La composition des commissions d’expérimentation animale reflète ainsi davantage la diversité des valeurs de la société. Le FNS renonce donc à procéder lui-même à une évaluation éthique supplémentaire. Cette double évaluation indépendante de toutes les expériences animales garantit à la fois la qualité scientifique et le respect des critères prescrits pour le bien-être animal et correspond au mandat légal des deux institutions.

En Suisse, la réglementation de l’expérimentation animale est stricte par rapport aux autres pays du monde. Les scientifiques doivent prouver à la commission cantonale d’expérimentation animale que le gain de connaissances attendu justifie la souffrance occasionnée. Les chercheuses et chercheurs et les technicienness et techniciens animaliers doivent suivre des formations et des cours de perfectionnement annuels adaptés et remettre chaque année aux services vétérinaires cantonaux un rapport sur l’utilisation de chaque animal de laboratoire.

Les chercheuses et chercheurs doivent également respecter les directives de la Commission pour l’éthique dans les expérimentations animales (CEEA) de l’Académie suisse des sciences médicales (ASSM) et de l’Académie suisse des sciences naturelles (SCNAT). Lorsque des expériences provoquent des souffrances, il convient de les soulager. Chaque laboratoire ou institut dispose d’une déléguée ou d’un délégué à la protection des animaux. Par ailleurs, il faut relever que l’expérimentation animale visant à tester des produits cosmétiques est interdite depuis 2013 dans l’UE.

Toutes les expériences réalisées en Suisse sur des vertébrés, des céphalopodes et des décapodes sont soumises à autorisation et recensées dans des statistiques annuelles par l’Office fédéral de la sécurité alimentaire et des affaires vétérinaires (OSAV). Un degré de gravité de 0 à 3 est attribué à chaque expérience animale : de 0 (études observationnelles, par ex.) à 3 pour la contrainte sévère (transplantation de tumeurs malignes, par ex.). La majorité des animaux sont utilisés dans la recherche fondamentale (plus de 60 %) et ne subissent que peu ou pas de contraintes durant les expériences (les degrés de gravité 0 et 1 cumulés représentent plus de 70 % de celles-ci).

En 2019, le FNS a soutenu environ 6200 projets. Cela représente un budget de plus de 970 millions de francs. De cette enveloppe, moins de 140 millions ont été attribués à environ 600 projets dans lesquels des animaux ont été utilisés à des fins de recherche. Cela représente 10 % de tous les projets et 14 % de l’ensemble des moyens financiers octroyés. Ces proportions sont restées stables au cours des années écoulées. Par ailleurs, il convient de préciser que 80 % de ce montant sert à salarier les personnes financées via ces projets.

Depuis un certain temps déjà, le FNS exige que les scientifiques déclarent eux-mêmes si leur projet de recherche se concentre essentiellement sur l’un des 3R. Cependant, vouloir séparer l’utilisation de méthodes alternatives de l’expérimentation animale est illusoire. En effet, de nombreuses méthodes expérimentales établies aujourd’hui ne font pas appel à l’expérimentation animale, mais ne sont pas déclarées comme méthodes alternatives et donc n’apparaissent pas dans les statistiques. Dans la plupart des cas, l’expérimentation animale sert à confirmer les résultats obtenus précédemment dans le cadre du projet par des méthodes alternatives.