Le patient, ses gènes et ses données

(De "Horizons" no 109 juin 2016)​​​​​​

A l'avenir, les médecins ne soigneront plus seulement l'organe malade mais se feront une idée globale de l'état des patients à partir d'une foule de données." Le Centre d'évaluation des choix technologiques TA-Swiss décrit ainsi le rêve de la médecine personnalisée. Les médicaments ne seront plus uniquement prescrits en fonction d'un diagnostic, car les variantes génétiques et les données des patients sur leur style de vie seront intégrées dans la décision.

Après les pays scandinaves, l'UE et les Etats- Unis, c'est au tour de la Suisse de lancer une initiative nationale de recherche sur la médecine personnalisée. Dans son Message sur l'encouragement de la formation, de la recherche et de l'innovation de février 2016, le Conseil fédéral a prévu d'allouer 70 millions de francs sur quatre ans au Swiss Personalized Health Network. L'Académie suisse des sciences médicales (ASSM) devra coordonner les nombreuses initiatives locales qui existent déjà dans les hautes écoles et les hôpitaux et faciliter l'échange des données. "Ce réseau est nécessaire pour rendre le potentiel du Big Data utilisable dans le domaine de la santé", souligne Hermann Amstad, secrétaire général de l'ASSM. La masse d'informations devrait permettre aux médecins d'identifier le traitement le plus efficace avec le moins d'effets secondaires. Par exemple, le médicament ivacaftor n'agit que chez les personnes atteintes d'une variante particulière de fibrose kystique. Ou la durée du coûteux traitement contre l'hépatite C pourrait être réduite, selon les variantes génétiques.

Partisans et sceptiques

Il faut lever un malentendu: la médecine a toujours été individuelle. Il s'agit ici d'adapter le traitement à certaines caractéristiques physiologiques, d'où le terme souvent utilisé de "médecine de précision". La concrétisation de la médecine personnalisée est semée d'embûches: les intérêts particuliers, la sécurité des données et la mise en pratique représentent autant d'obstacles de taille. Les sceptiques mettent en garde contre de faux espoirs, comme Timothy Caulfield, professeur en politique de la santé au Canada: "Il n'y a pour l'instant guère de raison de croire à l'avènement d'une révolution capable de baisser les coûts, de prolonger la vie et d'améliorer la santé publique, contrairement à ce que suggèrent ses partisans les plus enthousiastes."

Les quatre piliers de la médecine personnalisée

Les nouveaux traitements devront combiner informations génétiques, échantillons et mesures effectuées par les patients eux-mêmes. Au coeur de l'effort: mettre en commun des banques de données hétérogènes.

​e-PATIENT - Tirer parti des dossiers de patients

En 2013, Genève devient le premier canton suisse à lancer le dossier médical électronique – cinq ans après l'Estonie, Etat pionnier de l'e-government. Une initiative qui devrait être étendue à tout le pays, selon la Stratégie Cybersanté (eHealth) Suisse.

Ces dossiers électroniques peuvent bénéficier à la recherche lorsque les patients autorisent les chercheurs à accéder à leurs informations médicales ainsi qu'à leurs données stockées dans les biobanques. Cela permettrait par exemple de déterminer rétroactivement quels ont été les traitements les plus efficaces dans quel sous-groupe de patients ayant subi un AVC. Le psychiatre et auteur britannique Ben Goldacre rêve de grandes études cliniques où les médecins seraient en mesure de tester de nouvelles variantes thérapeutiques.

De nombreux obstacles techniques, juridiques et éthiques restent à franchir. La première étape sera d'harmoniser les données, explique Torsten Schwede de l'Institut suisse de bioinformatique et directeur du Centre national de coordination des données: "Le terme ‹fièvre› utilisé dans un dossier bâlois ne correspond pas forcément exactement à la notion ‹d'hyperthermie› employée au CHUV à Lausanne. Déjà qu'au sein d'un seul et même établissement hospitalier, il est difficile de trouver un langage commun à la médecine interne et ophtalmique."

COHORTES - Comparer l'évolution de la maladie

Les séropositifs reçoivent en général une combinaison de trois antirétroviraux, aux effets secondaires parfois virulents: l'abacavir, par exemple, peut provoquer chez certains patients une chute de pression artérielle potentiellement mortelle et une fièvre élevée. Mais on peut éviter le risque de tels problèmes en testant auparavant le patient pour voir s'il porte la variante génétique HLA-B*5701, qui permet ainsi de personnaliser le traitement contre le VIH.

L'identification de ce genre de biomarqueurs nécessite des études de cohorte qui suivent un nombre important de patients dans différents groupes sur une longue période et de manière systématique.

Depuis vingt-huit ans, l'étude suisse de cohorte VIH prélève tous les six mois des échantillons de sang auprès de 10 000 patients et les stocke dans une biobanque. Son président, Huldrych Günthard de l'Hôpital universitaire de Zurich, estime que les cohortes représentent une base essentielle pour la médecine personnalisée. "Les diagnostics posés dans les hôpitaux sont partiellement biaisés par des facteurs économiques, comme le codage pour la facturation des forfaits par cas, explique le médecin. Dans la cohorte, nous documentons en revanche précisément l'évolution de la maladie et disposons d'une masse importante de données de laboratoire."

QUANTIFIED SELF - Se mesurer 24h/24

La smartwatch enregistre le rythme de sommeil, un capteur intégré dans le T-shirt mesure le taux de glycémie. Le soir, les données sont envoyées sur un site Internet où les diabétiques partagent leurs expériences et peuvent être copiées dans le dossier électronique du patient. Chez le médecin, l'entretien considère ces informations collectées automatiquement et discute des options thérapeutiques proposées par un algorithme.

Telle est la vision d'Ernst Hafen, biologiste moléculaire à ETH Zurich et l'un des promoteurs de la médecine personnalisée en Suisse: "C'est comme un Google de la santé, qui intègre des données médicales individuelles à la place d'indications géographiques." Le tout peut sembler utopique, mais de premières ébauches fonctionnent déjà. Les applis de "self tracking" sont légion. L'Université de Bâle mène actuellement une étude avec des podomètres pour étudier l'influence du mouvement sur le traitement du cancer. Porter un senseur électronique n'est pas forcément nécessaire: en documentant leur symptôme sur la plateforme web Patientslikeme, des personnes atteintes de sclérose latérale amyotrophique ont généré des données démontrant l'absence de bénéfice d'un traitement au lithium. Elles ont été publiées en 2011 dans Nature Biotechnology.

BIOBANQUES - Faire parler les échantillons cachés

Groupes de recherche et hôpitaux universitaires collectent et stockent depuis des années des échantillons d'ADN, de sang et de tissus. Une fois mis en relation avec les dossiers médicaux, ils constituent la colonne vertébrale de la médecine personnalisée. Mais la plupart des biobanques sont configurées pour les besoins de leur institution sans que l'on ait pensé à les rendre accessibles à d'autres chercheurs.

La Suisse compte plus de 300
biobanques, petites et grandes, estime
Christine Currat, qui dirige la Swiss Biobanking
Platform (SBP), fondée en avril
2016 et cofinancée par le Fonds national
suisse. Cette structure devrait permettre
aux chercheurs d'accéder aux précieuses
informations collectées dans notre pays.
Première tâche: établir une liste des biobanques
existantes. L'objectif principal
est d'harmoniser les procédures afin que
les échantillons et documents puissent
être mieux échangés.

"Les déclarations de consentement
des patients demandent à être unifiées,
et il faut surtout documenter précisément
la manière dont les échantillons ont été
collectés et stockés", explique Christine
Currat. A long terme, la SBP devrait servir
de portail d'entrée aux chercheurs en
médecine et en biologie pour accéder aux
différentes biobanques.

Les défis à surmonter

Pour s'imposer, la médecine de précision devra convaincre que la confidentialité des données
peut être assurée et réussir à changer la pratique sur le terrain.

VIE PRIVÉE - Le casse-tête de
la sécurité des données

Les données génomiques renseignent
sur les caractéristiques d'un individu
et les risques auxquels il est exposé,
mais permettent aussi de tirer des
déductions pour les membres de
sa famille. Elles jouissent d'une
importante protection juridique qui
devrait être étendue à l'ensemble des
données personnelles, recommande
TA-Swiss. L'exemple du programme
anglais de mise en réseau de toutes
les données cliniques montre à quel
point la confiance de la population
est importante. En 2014, il a été
suspendu pendant un an à la suite de
critiques suscitées par la réutilisation
possible des données. Pour Ernst
Hafen d'ETH Zurich, "seul l'individu
a le droit de mettre ses données à
disposition d'autrui". Son association
Data and Health milite pour une
souveraineté numérique.

Cela ne résout toutefois pas le
problème de l'anonymisation. Un
taux de cholestérol ne suffit pas
pour remonter à un individu, mais
l'établissement d'un lien entre cette
donnée et d'autres informations peut
permettre une identification. "Il ne
faut mettre à disposition que les
données nécessaires pour le projet
de recherche, et leur utilisation doit
être conforme au consentement du
patient", estime Torsten Schwede de
l'Institut suisse de bioinformatique.
Les scientifiques devraient travailler
sur une plateforme de recherche
sécurisée où les données délicates
sont cryptées, comme cela se fait
déjà dans le cadre des projets de
recherche sur le génome.

Professeure de droit à l'Université
de Zurich, Brigitte Tag aspire avant
tout à un cadre juridique national
sûr: "Dans la recherche sur l'être
humain, la collecte, le stockage et
le traitement de données devraient
être réglés de manière uniforme. Les
chercheurs en profiteraient aussi."

MÉDECINE FONDÉE SUR LES PREUVES - La résistance des praticiens

"Avec le progrès de la médecine
fondée sur les preuves, une partie de
l'art médical s'est perdu", écrivait
récemment Joseph Fins, médecin
et éthicien au Weill Cornell Medical
College à New York dans la revue The
Hastings Center Report. Lors d'un
sondage mené par Cochrane Suisse
en 2015, un quart des généralistes
ne trouvait "peu utile" la médecine
fondées sur les preuves.

"Les chercheurs pensent à leur
carrière, les firmes à leur profit et le
médecin se trouve quelque part au
milieu, mal informé des deux côtés",
déclarait le directeur de Cochrane
Allemagne Gerd Antes à la télévision
d'outre-
Rhin.

L'information factuelle issue
de la recherche médicale reste très
confuse: des études cliniques pratiquement
identiques sont répétées à
l'envi, près de la moitié des travaux
ne sont jamais publiés et le transfert
de connaissances de la recherche
vers la pratique est mal organisé.
La conséquence en est une sur- ou
sous-médicalisation. Or, la médecine
personnalisée épaissit encore davantage
la jungle des informations.

"Clairement, nous devons
améliorer le système d'information",
opine Bernard Burnand, directeur de
Cochrane Suisse. Dans son rapport
de 2014, TA-Swiss recommande d'accorder
plus de poids à l'interprétation
des données dans la formation des
médecins. "Les réglementations des
essais cliniques se durciront encore,
observe Bernard Burnand. Ce qui
manque aujourd'hui, c'est la vérification
de l'efficacité des thérapies dans
la pratique."

Florian Fisch est rédacteur scientifique au FNS.